インモラル団による世界征服の野望を食い止めろ！ 少女たちの未来を賭けた壮絶な戦いが始まる！
下由利中学校に通う中学2年生の波多野ゆきは、幼なじみの栗原風花と共にインモラル団の怪人に襲われ、偶然にも魔法少女エンジェルハートに変身してしまう。
街の平和を守るため、魔法少女となって怪人たちとの戦いに挑むゆき。その中で、ゆきは自分とは異なる魔法少女のチーム「スイートエンジェルス」と出会い、その一員に加わる。
インモラル団によって家族や仲間を失い、様々な運命に翻弄されながらも、前を向いて戦い続ける魔法少女たち。未熟な戦士であったゆきは、ひたむきに生きる仲間たちの姿に感化され、人間として大きく成長を遂げていく。
悪の組織インモラル団の最終目標は、現実改変による世界征服。自分たちの都合のいいように人々を操り、永遠の支配を目論むインモラル団の野望を食い止めなければ、この世界に希望は訪れない。
未来は私たちの手で掴み取る！ 魔法少女スイートエンジェルスは、人々の平和を守り、世界を救うためにインモラル団と戦うのだ！